

Totonicapán proviene del náhuatl Atotonilco, totonilco que significa "en el lugar del agua caliente".
La antigua Totonicapán, fue la segunda provincia en importancia del señorío Quiché gobernado desde Q'umarkaj (Utatlán). Fue fundada en las fértiles planicies de Patzac..
A principios del siglo xix, Totonicapán formó parte de la provincia del mismo nombre o también llamada Huehuetenango. En su territorio, durante la época colonial, estallaron los motines de indígenas más trascendentales del Reino de Guatemala. Un suceso que es necesario mencionar es que en julio de 1820, estalló entre los indígenas de Totonicapán, participando los municipios de Momostenango, Santa María Chiquimula, San Francisco El Alto, San Andrés Xecul, San Bartolo Aguas calientes, San Cristóbal Totonicapán y la propia cabecera, una sublevación en la que desconocieron a las autoridades españolas, la cual fue encabezada por Atanasio Tzul y Lucas Aguilar, coronando a Tzul como rey de los K'iche's. Desde entonces se reconoce a la cabecera como Ciudad Prócer.
En 1822, tras la Independencia de Centroamérica en septiembre anterior y la anexión al imperio mexicano de Agustín de Iturbide, se dividió el territorio centroamericano en tres comandancias generales, siendo una de ellas la de Chiapas, a la cual pertenecía la Alcaldía Mayor de Totonicapán.El departamento propiamente dicho, fue creado por decreto No. 72 del 12 de agosto de 1872 durante el gobierno liberal del general Miguel García Granados.